饲养管理不当构成猪呼吸系统综合征的主要病原有:圆环病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒、副嗜血杆菌、胸膜脑炎放线杆菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、败血性波氏杆菌、支原体、衣原体、弓形体、附红细胞体。这些病原，几乎广泛存在于各规模化猪场，成了各猪场的常在病原。在饲养管理不当、免疫失败、环境及气候恶劣等应激条件下，便会导致呼吸系统综合征的暴发。

　　消毒防疫经常遇到许多奇怪的现象，有些疾病并不难诊断，有的已经确诊了，但在紧急免疫和肌注加拌料的综合防治下，病情虽然得到有效的控制，但不久后又反复发作。究其原因，关键就是日常的消毒、防疫等饲养管理工作及原生产工艺流程存在缺陷，导致疾病安全隐患永远存在，疾病便无法得到控制。

　　当市场行情较好的时候，许多养殖户从外地大量引进仔猪进行育肥或者是引进优良的品种以提高其生长速度，但是盲目地引种或育肥会导致猪场菌群的变化，打破原来生物环境的平衡，并且路途运输，饲料、环境的改变对动物是一个很大的应激，同时使得病情变得更加复杂;在一些传统的养殖地区，猪的保健从没有被列入生产的日程中去，而注重免疫认为把所有的疫苗都接种上，猪就不会生病，殊不知这种做法对猪也是一种应激。还有猪舍的通风、密度、驱虫、管理不当等的应激都会使猪的免疫力下降，导致疾病的发生。

　　霉变的饲料引起的危害饲料中霉菌毒素的污染及其所造成的危害目前仍是养殖者易于忽略的问题，且容易与其他疾病混淆。目前饲料工业和养殖业的着重点是抑霉、脱霉，饲料及其饲料原料无肉眼可见的霉变即可。而霉菌毒素是肉眼看不见的。比如：饲料配方不变，饲料品质却出现时好时差的情况;免疫程序不变，疫苗按时接种，可是畜禽抗体水平上不去;畜禽的生产性能下降，易感性提高，疾病频频发生等一系列的问题。